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Examinando por Materia "Secuenciación"

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    PublicaciónSólo datos
    Caracterización genética del genoma completo de una cepa del virus Chikungunya circulante en Brasil
    (Universidad de los Llanos, 2023-07-04) Villarreal Julio, Rafael Guillermo; Yepes-Blandón, Jonny Andrés
    El virus Chikungunya (CHIKV) es un virus de ARN monocatenario de sentido positivo que pertenece al género Alphavirus de la familia Togaviridae. Se transmite principalmente por mosquitos Aedes aegypti y albopictus. Su genoma codifica cuatro proteínas no estructurales (NSP 1-4) y tres proteínas estructurales (C, E1 y E2). Se han identificado cuatro linajes de este virus que son los linajes de África occidental, África oriental, central y sudafricana (ECSA), asiático (AL) y del océano Índico (IOL).1. CHIKV es un arbovirus endémico circulante en 51 países de las Américas. Las manifestaciones clínicas que se le atribuyen son; fiebre alta, erupción cutánea, mialgia y episodios de artralgia, que en consecuencia provocan dolor crónico y discapacidad, especialmente en articulaciones. La secuenciación del genoma completo del virus del Chikungunya es esencial para comprender su biología, evolución y propagación, y para desarrollar estrategias efectivas de prevención, diagnóstico y tratamiento. Esta información es fundamental para combatir la enfermedad y minimizar su impacto en la salud pública. Por esas razones se secuenció el genoma completo del virus Chikungunya br33, identificada en la ciudad nororiental de Recife, en el estado de Pernambuco, Brasil. El genoma tiene un tamaño de 11601 nucleótidos y fragmentos que codifican para dos poliproteínas.Se realizó un análisis filogénico que indica que la reciente cepa brasileña del CHIKV pertenece al linaje del este, centro y sur de África (ECSA). Dicha identificación filogenética es importante porque este genotipo en particular ha sido asociado a mayor daño y severidad clínica.Hasta 2016, el virus CHIKV estaba asociadas directamente a viajes y la transmisión era limitada. Posteriormente se produjo el brote más grande en el estado asociado con la introducción de un nuevo linaje ECSA como el indetificado en este estudio. Es muy probable que se produzcan nuevos brotes de CHIKV en un futuro cercano debido a la abundancia de vectores competentes en brazil y a una población susceptible, exponiendo a más de 11 millones de habitantes a un riesgo de infección cada vez mayor.
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    Detección molecular de leptospiras patógenas en roedores capturados en el municipio de Villavicencio, Colombia
    (Universidad de los Llanos, 2021-12-16) Sánchez-Lerma, Liliana; Rojas-Gulloso, Andrés; Pavas-Escobar, Norma; Barajas-Pardo, Diana; Chinchilla-Acosta, Diego; Fuentes-Ramírez, Duvan
    La leptospirosis es una zoonosis bacteriana de gran impacto en la salud pública y aunque es una enfermedad de notificación obligatoria, es considerada una enfermedad desatendida ya que afecta principalmente a las poblaciones más pobres y con un limitado acceso a los servicios de salud. Los mamíferos, principalmente los roedores desempeñan un relevante papel como huéspedes y reservorios de leptospiras patógenas. El objetivo de este estudio fue detectar molecularmente la presencia de Leptopsira spp en roedores de áreas periurbanas y rurales del municipio de Villavicencio en Colombia. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal durante octubre de 2018 a octubre de 2019. Para el muestreo se seleccionaron zonas rurales del municipio de Villavicencio. Se emplearontrampas tipo Sherman, los roedores capturados fueron sedados y luego de la eutanasia se les extrajo los riñones que fueron conservados en nitrógeno líquido hasta su uso. El ADN fue extraído mediante kit comercial, se realizó la PCR convencional en búsqueda del gen pfLp32 específico para Leptospira interrogans (sensu lato), los productos amplificados se enviaron a Macrogen para la secuenciación. Se colectaron 50 roedores, 38 (76%) sinantrópicos y 12 (24%) silvestres. De las 50 muestras de tejido de riñón 6/50 (12%) resultaron positivas para el marcador pfLp32. Las 6 muestras co- rrespondieron a las especies Rattus rattus (4), Zygodontomys brevicauda (1) y Oligoryzomys sp (1). El análisis con la herramienta BlastN arrojó una identidad del 98,64% cercanas a los serovares Hardjo y Canicola. Los serovares encontrados están relacionados con reservorios como el ganado vacuno y los perros, lo que llevaría a pensar en contaminación cruzada por acceso a aguas contaminadas. Las especies silvestres de roedores infectados con leptospira se convierten en huéspedes de mantenimiento, siendo un riesgo potencial para los humanos. En conclusión, los perros, los roedores y el ganado vacuno entran dentro del ciclo infeccioso de leptospirosis en el municipio de Villavicencio.