Los microorganismos forman parte sistema coloidal del suelo, los cuales intervienen en el proceso de descomposición de materia orgánica. También pertenecen fitopatogénos agentes causales de enfermedades en los sistemas productivos; el objetivo de la investigación realizada es observación de la dinámica de población de hongos y bacterias en los diferentes agrosistemas de piedemonte llanero colombiano, realizados en la Universidad de los Llanos sede Barcelona, los sistemas cacao – acacia, café – plátano, cítricos y bosque secundario; en el sistema mixto café – plátano se observa una influencia alta de patógenos saprofitos causantes de enfermedades radiculares; la mayor presencia de unidades formadoras de colonia se encuentran en el sistema bosque secundario en el perfil de 0 – 20 cm.